Masa Orientasi Peserta Didik (MOPD) merupakan kegiatan pertama yang dijalani peserta didik baru di SMA Gonzaga. Peserta didik kelas X merupakan transisi dari SMP ke SMA. Meraka berasal dari SMP yang memiliki kultur dan lingkungan yang berbeda-beda dan masuk kedalam lingkungan yang baru yaitu SMA Gonzaga sehingga dibutuhkan arahan dan pengenalan terhadap visi, misi, nilai-nilai dan lingkungan sekolah  yang nantinya akan menjadi bagian dari kehidupan pendidikannya sehari-hari.

Tema MOPD untuk angkatan XXVI yaitu “Learn, Feel, and Do” yang bertujuan merealisasikan nilai-nilai yang ditanamkan tidak terbatas pada kehidupan sekolah saja, melainkan kehidupan sehari-harinya yang menunjukan diri sebagai siswa Kolese Gonzaga. Peserta juga dikenalkan terhadap semangat AMDG (Ad maiorem Dei Gloriam) yaitu melakukan kegiatan demi lebih besarnya kemuliaan Tuhan, serta core values kita 3C (Competence, Conscience, Compassion). Kekhasan Kolese Gonzaga biasanya ada unsur Commitment dalam melakukan sesuatu. Itulah yang diperkenalkan dalam MOPD ini.

MOPD dilaksanakan di lingkungan SMA Gonzaga mulai tanggal 16 – 18 Juli 2012 pukul 07.00 s/d 14.00 yang diikuti oleh 234 peserta siswa/siswi baru kelas X dan didampingi oleh panitia siswa kelas XI dan XII serta guru.

Acara hari pertama dibuka dengan upacara bendera untuk mengawali tahun pembelajaran baru oleh seluruh siswa SMA Gonzaga. Untuk kelas X dilanjutkan dengan memperkenalkan profil sekolah (Visi & Misi), tata tertib, kurikulum, sarana prasarana dan mars kolese Gonzaga.

Acara hari kedua berkaitan dengan pengenalan senat dan program kerjanya. Serta dibekali juga dengan etika pergaulan supaya setelah menjadi komunitas Kolese Gonzaga dapat bersosialisasi dengan baik. Untuk hari kedua ini acara di akhiri dengan games, yel-yel, latihan baris berbaris serta refleksi.

Acara hari ketiga menitikberatkan pada kebersamaan antar divisi, angkatan, dan seluruh komunitas Kolese Gonzaga. Untuk mencapai tujuan ini dituangkan dalam bentuk permainan team building games, perjamuan makan, pengumpulan tanda tangan dengan kelas XI dan XII, games kolosal dan diakhiri dengan pelantikan oleh kepala sekolah Pater Leonardus E. B. Winandoko, SJ. M.Ed.